Арахниды не смирились с поражением. Они снова идут в бой и захватывают планеты Федерации, заставляя Маршала Мару объявить всеобщую мобилизацию. Отряд генерала Шепарда отправляется для зачистки заставы "Нильс", но попадает в плен к арахнидам. Командир с несколькими солдатами, прикрывая отступление, обретает древнюю башню. Внутри люди могут чувствовать себя относительной безопасности, но попытки выйти за пределы опорного пункта неизменно оканчиваются провалом. Дети Шепарда увольняет Декса – бывшего героя Федерации, осужденного за убийство командира, по вине которого погибли люди. Пылевая буря прерывает связь с командованием, и башню атакуют жуки. Декс активирует защитные системы, и его поступок помогает сдержать первую волну приступа огромных насекомых. К башне прорывается Шепард с тремя выжившими, но их поведение кажется странным и наводит на некоторые подозрения. Вскоре солдаты начинают видеть кошмары и галлюцинации — арахниды заразили миниатюрными жуками, которые проникают в мозг и покоряют волю. Инфекция распространяется, Декса снова арестуют, подозревая в диверсии.